Снести bootloader можно занулив первые 446 (вроде именно 446..., дальше до 512-го байта уже таблица разделов и её надо беречь) байт на жёстком диске коммандой dd. Только грузится от этого оно не начнёт. Гуглите два букво-сочетания:
fixmbr и fixboot. Болванка диска оффтопика стоит ~30у.е. ...
EXT3 утилиты для оффтопика существуют, т.к. EXT3 открытая ФС. NTFS - кусок продукта проприетарного и странно было бы ждать, что будут надёжные программы для работы c NTFS для открытых систем. Впрочем некий набор есть. Имён и ссылок не помню.
Вообще, бестолковое дело пытаться проприетарные технологии поддерживать свободными. Создателям проприетарного продукта невыгодно, чтобы существовали открытые инструменты для работы с проприетарным. Потому непрерывно будут разные засады и неприятности, если пытаться к проприетарному прирастить открытые технологии. А непрерывность эта всем нежелательна. Отсюда вывод о бестолковости затей такого рода.
При копировании файлов надо обратить внимание на русский язык, чтобы имена файлов были скопированы правильно.
Скорее всего дело не в самом NTFS разделе, а в MBR, bootsector самого раздела и в атрибуте active для этого раздела. См. выше.
Не может Bootloader мешать загрузке с компакта. Не может мешать работе утилит с компакта. Вы сделали неправильный вывод. Изучите указанное в первом абзаце. Это и есть Ваш оптимальный путь.