Говорят, как-то так:
find path/ -type f -printf "%p %f\n" | sort -k 1 | uniq -Df 1 > result.txt
Надеюсь, не надо объяснять, что делает > result.txt. В выходном файле будут записи вида /полное/имя/файла имя_файла только для тех файлов, которые повторяются. Правда, возможен косяк с пробелами в именах директорий. Но я думаю, если почитать man find и man uniq то можно и с этим разобраться.