А зачем тебе запускать файловую оболочку с правами суперпользователя?
Объясни что ты хочешь сделать, скорее всего ты выбрал неправильный подход к решению проблемы.
Бывают файлы, принадлежащие руту, их как правило не стоит трогать из гуёв, для этого есть консоль, в крайнем случае - sudo gedit.