немного не понятно зачем была установлена самба - ходить под доменными учётками можно и без самбы на клиенте, что у вас сейчас и происходит как я понял.
никаких ошибок в процессе установки/настройки не было? сталкивался с подобной ситуацией всего один раз - решилось сносом со всеми конфигами либпама с либлдапом, и последующей их переустановкой.
переносимые профили в принципе можно сделать с помощью nfs, там правда необходимо будет что-нить придумать с нормальными правами доступа, что в принципе тем же acl'ом недолго сделать.
з.ы.: мой рабочий лдап.конф (данного минимума вполне достаточно):
cat /etc/ldap.conf | grep -v ^#
base dc=net,dc=lan
uri ldap://10.10.10.1/
ldap_version 3
rootbinddn cn=admin,dc=net,dc=lan
pam_password md5
nss_initgroups_ignoreusers avahi,avahi-autoipd,backup,bin,daemon,games,gdm,gnats,haldaemon,hplip,irc,klog,libuuid,list,lp,mail,man,messagebus,news,nx,polkituser,proxy,pulse,root,saned,statd,sync,sys,syslog,uucp,www-data