.htaccess это инструмент разработчика, но никак не настройки хостинга.
Накладные расходы на парсинг .htaccess огромны по сравнению с настройкой тех же параметров через файл конфигурации сервера. Лучше писать всю конфигурацию сайта в основной файл настройки.
Если вам нужно, чтобы сайт не распадался на несколько, то в сайте по умолчанию (обычно, но не обязательно, это "/etc/apache2/sites-available-default") пишете такой примерно блок правил:
<IfModule rewrite_module>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(example\.com)$ [nocase,ornext]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(example\.org)$ [nocase,ornext]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(example\.net)$ [nocase]
RewriteRule ^(.*)$ "http://%1/$1" [qsappend,redirect=permanent,last]
</IfModule>
В итоге все сайты из списка
www.example.{com,org,net} будут переадресованы на сайт без паразитного префикса "www.".
Более подробная документация по mod_rewrite:
http://httpd.apache.org/docs/2.4/rewrite/