Еще простой пример почему важно, чтобы не удалялись конфиги из домашнего каталога пользователя, я часто ставлю не пакетным способом, а путем компилирования, перед этим удаляя пакет, мне по вашему способу постоянно придется заботится о сохранении конфигураций и т.п. Именно про это я имел ввиду, когда говорил про сохранность настроек пользователя, например у меня за компом работает 3 человека, кто-то предпочитает серфить инет оперой, кто-то мозилой и т.д. и т.п., почему я должен терять настройки, если кто-либо из них удалит оперу и затем откомпилит новую.