В общем почти поборол

в файл cat /etc/initramfs-tools/modules, в конец дописываем
pata_amd
sata_nv
Модули прописаные здесь грузятся по очереди, следовательно ИДЕ диски получают номера первыми.
в /etc/initramfs-tools/scripts/local-premount/ ложим скрипт сборки масива примерно следующего содержания:
#!/bin/sh
mdadm --build /dev/md0 --level=0 --chunk=64 --raid-devices=2 /dev/sdd1 /dev/sde1
и делаем update-initramfs -u