Ты это пишешь в терминале на сервере 3, и под каким-нить доменным пользователем? Ну так у тебя, понятно, ничего не получиться - откуда winbind может знать об учетной записи и пароле локального пользователя linux, он же авторизуется через другой механизм.
Если тебе нужно чтобы доменный пользователь имел рутовые права, то он прописывается в /etc/sudoers, и когда набираешь под ним sudo su, то в качестве пароля нужно вводить пароль именно этого доменного пользователя.
su действительно просто так не работает, только через sudo. Не считаю это за траблу.
А насчет динамического обновления паролей и групп... Пароли динамически и под виндой не обновляются, требуется перезайти в систему (если пароль обновил админ). А группы - не пробовал, не скажу.