Не знаю поможет это или нет, но при удалении с флэшек, Ubuntu создает на это накопителе папку .trash и копирует всё туда, реально ничего не удаляя, возможно тоже наблюдается и на дополнительных дисках?
В настройках наутилуса есть галка, если ее поставить то при клике на файле там будет выбор Move to trash и Delete.
При Delete файл удаляется сразу и безвозвратно, не попадая в мусорку.
На флешках я так и делаю.
В таком случае он несоздает папки .trash а сразу удаляет.