Диск часом не сигейт? Могут быть проблемы с ним, если он из серии 7200.11, если это так - расскажу, что делать.
Если же все не так плохо, то грохнулась НТФС, видимо, в RAW.
Такой вариант мне помог в аналогичной ситуации (все данные остались целы):
1. Подключить ТОЛЬКО "больной" диск, сделать его праймари мастером.
2. Загрузиться с любого загрузочного диска, позволяющего выйти в консоль восстановления винды.
3. Из консоли последовательно запустить команды fixboot, fixmbr, на все, что они предложат, соглашаться.
4. Ввести команду exit, перезагрузиться.
5. Выключить комп.
6. Подключить диски, как было, загрузиться в Ubuntu, поглядеть, как себя чувствует "болезный" диск.
Если это не поможет, попробуйте загрузиться с диска Parted Magic, там полно дисковых утилит.
Если это не поможет - боюсь, придется форматировать диск заново.