Дефрагментация не поможет. ntfs-3g известны тем, что пишут на ntfs не подряд, а хаотично раскидывают по всему пространству раздела файл мелкими кусочками, и там снова сразу станет каша. Выход только один - отказаться от нтфс, другого пути нет.
Из-под винды ext3 (после перехода в современных дистрибутивах linux на размер inode 256) видит нормально только ext2fsd (read only, write лучше не включать).