Сделайте вот что, создайте нормальную пустую сессию без запуска приложений, вот таким образом:
1) удалите файл текущей запомненной сессии - rm ~/.config/metacity/sessions/*.ms
2) откройте "Запускаемые приложения" и
установите галочку "Автоматически запоминать запущенные приложения при выходе из сеанса"
3) ВАЖНО: Закройте все-все программы, которые не хотите чтобы они запускались при старте и завершите сеанс пользователя.
4) Залогиньтесь вновь, убедитесь что вновь никакие лишние программы не запускаются, и затем
уберите галку "Автоматически запоминать запущенные приложения при выходе из сеанса"
Проверка результата: после выполненных шагов в папке ~/.config/metacity/sessions/ должен будет появится файл *.ms примерно такого содержания:
<metacity_session id="1036134ed87e2e8ff4124780883475885800000051220018">
<window id="10429ed6d5966947ef124780703140292900000039570020" class="Nautilus" name="desktop_window" title="x-nautilus-desktop" role="" type="desktop" stacking="0">
<sticky/>
<workspace index="0"/>
<geometry x="0" y="0" width="0" height="0" gravity="NorthWestGravity"/>
</window>
</metacity_session>
Т.е. запускается только наутилус в качестве рабочего стола и ничего кроме, что нам и требовалось.
Можно конечно просто проделать лишь шаг 1, но затем будут сыпаться ошибки в ~/.xsession-errors о недоступности файла сессии.