...а насчет прав доступа - выставить юзера, группу и права на корневой каталог диска. Если неуверенно чувствуешь себя с консольными cmod и chown, то наутилус, запущенный через sudo, поможет. Только осторожно.
Насчет фс: ext4 хороша при параллельном доступе к информации несколькими прогами, что для бекапного диска не критично. В общем, ext3 или 4 - при данных условиях практически без разницы. Короче - любую из них!
Но ntfs, тем более для бекапного диска, тем более для диска, который только под Linuxом будет использоваться... - это а)идиотизм, б)ненадежно, ц)медленно, д)будет месиво с правами.