Ну как-то так:
sudo aptitude install chkrootkit rkhunter
Chkrootkit – это сканер безопасности, который ищет в локальной системе признаки, указывающие на наличие руткита.
Rkhunter – сканирует систему на предмет наличия известных и неизвестных руткитов, уязвимостей, снифферов и эксплоитов.