Прихожу к выводу, что наиболее рациональным моментом наверно будет следующий:
качаем новый дистр, ставим его, затем из локальных реп ставим наши проги, которые качали в Джонти. Кармик в случае чего докачает необходимые зависимости. Такая схема будет намного экономичнее по трафику, чем просто обновлять Джонти