ну вот, кое что проясняется... все ясно: отдельный запуск 05-го толку не даст все равно, ибо для начала требо, чтобы 00-й отработал, считал настройки из /etc/default/grub и выполнил еще там какую-то фигню. ладно, тем не менее видми, что нужный участок отработал, и cat << EOF тоже должен был выполниться. теперь осталось посмотреть, что попадает в grub.cfg. для чего сделай вот так:
sudo grub-mkconfig | grep "set .*color"
дальше будет более-менее ясно, чей это баг