Была проблема с одним из скринлетов (Lyrics), после перезапуска сбивались настройки позиции и блокировки (Sticky и Lock), причем два других "родных" скринлета настройки исправно сохраняли. Проблемный лежал в
~/.screenlets/ и файл его настроек в
~/config/Screenlets/Lyrics/default/Lyrics2.ini. Так вот этот файл он каждый раз упорно переписывал в какие-то дефолтные значения, несмотря на все запреты, вроде - "только для чтения", смены владельца.
А в папочке
~/.screenlets/ лежит файл config.ini (дефолтные настройки всех скринлетов в этой папке?) с примерно с таким содержанием:
[Options]
show_in_tray=False
Lock=FalseSticky=FalseSticky=False (не знаю почему 2 раза

)
Keep_above=True
Keep_below=False
draw_buttons=True
Стоило исправить Lock и Sticky на
True и скринлет перестал "уезжать" при каждом запуске, что мне в общем-то и требовалось

Похоже часть своих настроек он читал именно из этого файла. У кого похожие проблемы - поищите этот файлик и попробуйте с ним поиграться.