Скорее всего из-за смены прав на /usr/bin/sudo.
И скорее всего не только наутилус, а вообще sudo (что-то) не будет работать...
Как и многое другое скорее всего....
UPD и вообще команда
sudo gedit /usr/bin/compiz
должна открыть gedit уже с рутовскими правами, и если она не сработала (т.е. gedit не может сохранить этот файл) - то дело тут скорее всего не в правах...