1. Как поместить команду в автозагрузку Ubuntu.
если на уровне юзера - через гуй (система - параметры - запускаемые приложения).
на уровне системы - в /etc/rc.local прописать. или если нужен конкретный ранлевел - в /etc/rcN.d пишем скрипт или симлинк кидаем.
и чтобы она работала, после каждой загрузки приходиться монтировать в терминале.
в гугль по слову "fstab". да хоть в википедию с этим же.. если ручками монтируешь, значит знаешь, как - в fstab засунуть сумеешь.
Чтоб можно было обмениваться, устанавливать права доступа и так далее.
man rsync
только учти, что ntfs человеческие права доступа не держит. или уж rwx на все, или нормальная фс + прикрутить драйвера к винде (прикручивается etx2/3, reiserfs и кое-как xfs). лучше первый вариант, ибо юзать виндовые фс-дрова в rw люди не рекомендуют.
вполне возможно, что с rsync'ом я загнул... смотря что ты хочешь "синхронизировать". судя по тому, что в этом участвуют все три ос, включая винду - явно не /etc. если я правильно догадываюсь, и речь идет об общей фалопомойке с кином-музыкой, то на локальной убунте через тот же фстаб смонтируй нтфс-раздел к себе в ~/media, к примеру. как удаленно подключить тот же раздел - этого я не скажу, ибо никогда не занимался, но вряд ли намного сложнее, если сеть поднята и работает. скорее всего, расшарить в самбе.