...у меня, часто после стартапа системы, значок раскладки (peripherals) висит в трее с иконкой типа "error", потом, через несколько минут перепрыгивает в область уведомлений и нормально работает.
...когда переключаю ракскладку по Alt+Shift перепрыгивает на свое место.
Вот! И у меня то же самое! Причем это совершенно невоспроизводимо, бывает индикатор раскладки оказывается или в трее (где он, как известно, неработоспособен) или "на месте", в апплете уведомлений. Раз на раз не приходится...

Кто-нибудь знает, это как-нибудь лечится? Вообще-то indicator-applet, который апплет уведомлений, я сильно не люблю, но ладно, бог с ним, раз трейную версию индикатора раскладок ремонтировать не хотят, так пусть хоть воспроизводимо запускается там, где он нормально работает...
Причем я точно знаю в какой момент у меня появилось такое поведение. В целях экономии вертикального пространства, я удалил верхнюю панель и перенес с нее все апплеты в нижнюю. Может это как-то поможет понять что происходит...