для юнити надо копию иконок со старыми названиями т.е. us.png ru.png в папке .icons ,так что лучше сделайте оба варианта в обоих папках 
Ой, спасиб. Что я только неиспробовал, но по закону подлости наверняка не дошол до именно работающего

, правда дополнил симлинками вместо копии/переименовки. И с всеми четырмя вариантами наверняка будет работать теперь какую ни оболочку бы выбрал.
# большой пак минифлажков свободного пользования
# http://www.famfamfam.com/lab/icons/flags/
mkdir ~/.icons ~/flagicons ; cd ~/flagicons
wget http://www.famfamfam.com/lab/icons/flags/famfamfam_flag_icons.zip
unzip famfamfam_flag_icons.zip && rm -rf famfamfam_flag_icons.zip gif __MACOSX readme.txt
mv png flags
(cd flags;for i in *png;do ln -s "$i" "$(echo $i|sed -e 's/.png/-symbolic.png/')";done)
for i in flags/*png;do ln -s "$i" .;done
cd ~;mv flagicons/* ~/.icons;rm -rf flagicons
DISPLAY=:0 gsettings set org.gnome.libgnomekbd.indicator show-flags true
DISPLAY=:0 gconftool-2 --type bool --set /desktop/gnome/peripherals/keyboard/indicator/showFlags true