Подозреваю что в свойствах файла-приложения. Не знаю как это эйр работает, но если он всё открывает в ФФ, то думаю что он сначала скачивает и сохраняет файл, а потом открывает, тогда нужно просто поменять привязку типа файла к приложению. Это можно сделать через свойства файла или через Ubuntu Tweak.