Дело в интерпретации прав на исполнение в неродных файловых системах. У меня тоже в 9.10 по умолчанию файл на fat32 или ntfs разделе исполняемый. Надеюсь, что это чрезмерная жесткость настроек - явление временное, сугубо для бета-версии.
Кстати, а на fat32 (флешке) файлы исполняемы? Если да, попробуй ntfstools поставить... Хотя теоретически, imho, это и не взаимосвязано, но может и помочь.
sudo apt-get install ntfstools