Начнем с азов.
Любой файл, скачаный из инета, имеет по определению права 644.
Если кто ему поднял права до исполняемого - сам себе злобный буратино.
В Ubuntu "искаропке" нет ни одной сетевой службы и ни одного открытого наружу порта, в чем легко убедиться сканером.
Если кто поставил тот же sshd и криво его настроил, создав дырку в системе - то см. выше, ССЗБ.
Все прочие трояны и руткиты идут стройными рядами в сторону венды, где да, "голая" система, выставленная в инет, очень быстро будет обжита самоходным ПО.