И опять вы не совсем правильно поняли мою мысль. Вот, например, недавно доразбирался с Deluge. У него демон (сервер) осуществляющий скачивание и веб-интерфейс (клиентом подключающийся к демону) разделены. Как выяснилось, демон вполне позволяет указать каталог для скачивания на стороне сервера, хоть через веб-интерфейс, хоть через GUI-клиент, в виде пути, но вот нормально их выбрать в графическом режиме, как это возможно в обычном классическом режиме работы Deluge или любом торрент-клиенте, почему-то нельзя. Что мешает демону позволять через себя ходить подключающимся к нему клиентам (веб-интерфейсу и GUI) по каталогам - не понятно.
В общем, корневой каталог веб-сервера тут совсем ни при чём - конкретно в Delue это выглядит как недоработка.