не знаю все нормально работает

.
Ну допустим Zim(даже не представляю как без него мог раньше обходится

) там все просто при указании каталога блокнота просто указываем путь в любимый каталог Ubuntu One.
Firefox тоже довольно банальная операция. Закрываем все экземпляры FF запускаем через терминал для создания профиля командой firefox -profilemanager обзываем, как нам удобно ну допустим meff и указываем каталог для хранения опять же любимый Ubuntu One. Допустим пароли я не храню, при завершении работы куки чистятся, возможно риск есть, но как-то лениво менять привычки и не использовать такую возможность.
Да так практически с любыми программами, все довольно просто и банально.