Существует похожая проблема, и не верю в заявление о попытке поменять перемычки мастер-славе. Если разные контроллеры, о каких мастерах идёт речь? Один диск, один разъем на маме, это ПАТА имеет значение.
Так о своем тоже чудит машинка, раз диск SATA320 другой раз PATA200 (так они в винде обозваны были) но содержание показывает правильно, а названия почти через раз меняет. Думаю это глюк, а не проблемы железа. Притом смотрю через наутилус - одно название, через коммандер другое. При одном фстабе.