Можно попробовать создать нового пользователя. Тогда система будет чистой. Попробовать установить офис. Если квадраты останутся, то дело не в этом.
Еще разные версии вайна могут по-разному работать с одними и теми же программами, причем более новая версия вайн не обязательно будет работать лучше. У меня, например, весь офис 2003 работает на версии 1.1.42, а Publisher - на версии 1.0.1, а на 1.1.42 не работает.