Я ставил разные дистры на внешний винт - замечено что kubuntu, xubuntu и alternate версий 9.04,9.10,10.04 ставят груб на внешний винт по умолчанию, а вот ubuntu - на первый в системе.
Именно поэтому я отчасти согласен, что такое поведение - глюк инсталлера. Но, фактически - глюк этот гораздо более глубокий - я не согласен с тем, что выбор места установки загрузчика спрятан под кнопочку, на которую можно попросту не обратить внимания. Лучше задайте этот вопрос в ходе работы визарда, предложив дефолтовое значение. Тот, кому это не надо, оставит дефолтовые настройки, а вот кое-кого заставит задуматься... А когда этого пункта в основной струе визарда нет - то очень многие пропускают эту достаточно важную настройку.
Я тоже на эти грабли наступал

- поставил на рабочем ноутбуке (XP без админских прав) Ubuntu на внешний диск.... и получил те же яйца только в профиль... а т.к. прав админских не было - пришллось заняться хакерством

, что бы востановить MBR виндов....