Я понял.
Так как в Download Master есть опция:
Создавать подпапки на основе URL. Download Master будет создавать подпапки копирующие структуру сервера с которого закачивается файл.
и я ей пользуюсь.
В Uget такого нет. 
Такое можно сделать через wget+bash
--- передаем в скрипт ссылку
--- из нее берем имя сервера
--- создаем в каталоге "Загрузки" папку с этим именем
--- запускаем wget так, чтобы он сохранил скачиваемый файл в созданную папку
Аналогично можно сделать скрипт, который будет распихивать скачанные файлы по дате.
Впрочем, менеджера уровня DMaster'a в linux не хватает.