Тихо, тихо. Успокойтесь все, а то тут сейчас будет месиво.
Все должно работать. Удалённые файлы с флешки должны быть в корзине и от туда их нужно удалить окончательно, тогда и на флешке их не будет.
Если они не удаляются, как Вы говорите, нужно зайти в /home/user/.local/share/Trash/files/ и посмотреть там, удалились ли они.