Бекап всей системы имеет смысл только если система сильно перенастраивалась и ставилась/удалялось куча программ. Если система свежая и силно не крежилась то бекап особо не и нужен. А вот если есть полезные данные - то их стоит забекапить.
Ну а дальше - LiveCD, GParted и кроите как вам вздумается.