Почистите кэш менеджера обновлений утилитой Ubuntu tweak tool.
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
Разобраться вообще не составляет труда. Вам нужно открыть Janitor и поставить галочки напротив всех возможных параметров. После чего нажать clean справа внизу и удалить все не нужные системе файлы.
+ рекомендую после всего почистить систему командой
sudo apt-get autoremove
так как у вас есть пакеты которые более не используются системой, но установлены.
По поводу JDK Java установите 7 версию так как у вас пакеты установлены именно для нее, что и вызывает ошибку зависимостей. В центре приложений введите Java 7 и установите пакет OpenJDK Java 7 Runtime и после попробуйте установить свою программу.