Самое простое, как мне представляется, решение в том, чтобы через оснастку "Управление дисками" доступную в WINDOWS через панель управления уменьшить размер диска С на 40-50 гигабайт, а при установке UBUNTU с диска выбрать пункт "установка на неразмеченное пространство." Та система, которая была поставлена через wubi, и тем более сама Windows, не пострадают. Не пострадают и другие системы, стоящие на компьютере.
Если же старый Linux надо убить, то при установке Ubuntu надо указать тот раздел, на котором этот Linux стоял, программа установка его укажет, она интуитивно ясная. Windows не пострадает. Уменьшать размер диска C в этом случае не нужно, если раздел со старым Linux'ом был достаточного размера.