Ошибаетесь, впрочем не сильно. Тут проблема конкретно криво собранной программы. И дело даже не в snmpd, а в философии дистрибутивов с пакетными менеджерами, которая в переводе на высокий русский говорит: не хрен лезть с сорцами туда, куда нужно ставить пакет. Хотите свежее? Собираете пакет - ставите пакет.
Теперь о проблеме.
ТС, Вы куда программу поставили? в /usr или /usr/local? Я так понимаю с ./configure --prefix Вы париться не стали, а просто дали ./configure который всегда определяет путь установки в /usr/local, если не задан иной (HFS - есть такая штука).
Далее.
Очевидно у вас два бинарника snmpd в системе, v5.4.2 в /usr/bin, v5.7.2 в /usr/local/bin ( с удалением старой версии Вы тоже не стали заниматься? ), запуская LSB-init от пакета Вы не поправили путь к бинарнику (следствие бездумной установки из сорцов) на /usr/local, что привело к тому, что старая версия бинарного исполняемого файла не работает с новой библиотекой. Оно конечно понятно, с 5.4.2 до 5.7.2 прошла туева хуча изменений, старые функции стали deprecated либо вообще изменены на другие.
Где-то так.
И позвольте узнать, что это за некие фичи? Последние некие фичи, при которых стоило обновлять ядро - iptables >=1.4.18 с ipv6-nat. Хотя, вроде что-то было раньше с multiple in/out interfaces.
Что касается куда рыть. Сначала:
cd /path/to/source/snmpd; sudo make uninstall
sudo aptitude purge snmpd, если надо загдядывайте в /var/lib/dpkg/info/snmpd.*
root@server:~# uname -a;snmpd -v
Linux server 3.10.7-atomd525mv-pae #1 SMP Fri Aug 16 01:04:23 MSK 2013 i686 GNU/Linux
NET-SNMP version: 5.4.3
Web: http://www.net-snmp.org/
Email: net-snmp-coders@lists.sourceforge.net
root@server:~#
Спасибо за внимание.