Раз у Вас nautilus, то тогда Вам подойдет уже существующий в репозитории пакет, который дает файловому менеджеру заказанный Вами функционал, по крайней мере насколько я понял то, что Вам нужно (никаких скриптов писать не надо - всё уже украдено до нас). Выбранные Вами в файловом менеджере файлы будут не просто удалены, а затерты в несколько проходов. Если Вам нужно именно это - устанавливается просто. Подключаем интернет, открываем терминал, вводим команду:
sudo apt install nautilus-wipe
Жмем Enter, вводим пароль (тот самый пароль, который Вы уже вводили
здесь, в ответе #4 этого же топика); при этом вводимые символы никаким образом на экране не отображаются, - вводим "наощупь" и нажимаем Enter, - это нормальное поведение терминала. Буквально через пару секунд все будет закончено, - необходимый пакет установится. Далее необходимо перезапустить nautilus, чтобы изменения вступили в силу. Сделать это можно рядом способов (какой именно Вам подойдет - решать Вам).
Первый. Самый простой - перелогиниться. Минус: вы потеряете внесенные в несохраненные документы изменения, - поэтому если перед этим Вы набирали какой-то документ, или писали кому-то сообщения, сохраните соответствующие изменения и сами позакрывайте открытые у Вас на данный момент программы. Как сделать (здесь и далее поясняю применительно к Unity - типовому пользовательскому окружению для Ubuntu 16.04): справа сверху у Вас кнопка в виде "шестеренки" (через нее вы всегда выключаете ноутбук). Давим на нее, выбираем пункт "Завершение сеанса". Сеанс завершили, - придется заново вводить тот самый пароль, который вводили, когда устанавливали пакет. После ввода пароля Вы заново войдете в свою сессию, и в файловом менеджере появится новый пункт в контекстном меню.
Второй. Самый явный. Перезагрузка. Как это сделать пояснять не буду, - понятно каждому пользователю, Вы, я уверен, делали это неоднократно. Предупрежу лишь о необходимости сохранения изменений в открытых документах по аналогии с первым способом.
Третий. Бескровный, не требующий никаких дополнительных манипуляций с перезагрузками и прочим. Перезапустим только файловый менеджер. В открытом окне терминала вводим команду:
nautilus -q
После ее ввода у Вас пропадут все открытые окна файлового менеджера, исчезнет содержимое рабочего стола (он тоже, как это ни странно - окно файлового менеджера). Чтобы вернуть все в круги своя - из меню Dash (комбинация клавиш Alt+F2) запускаем nautilus (нажимаем Alt+F2, вводим nautilus, у нас отображается одна иконка, кликаем по ней левой кнопкой мышки, открывается окно файлового менеджера и появляется содержимое рабочего стола).
Результат установки пакета:
Во всех трех перечисленных способах перезапуска файлового менеджера, после его перезапуска, в его контекстном меню (это то, что вызывается правой клавишей мышки) будет добавлен новый пункт, который в русской локализации называется "Затереть" (английский аналог скорее всего Wipe).

Принцип действия: выбираете файл или каталог, который хотите уничтожить безвозвратно, кликаете по нему правой клавишей мышки, выбираете пункт "Затереть", далее отвечаете на вопрос простейшего диалогового окна (в подавляющем большинстве случаев там достаточно просто кликнуть "Ок"). Вам демонстрируется окно прогресса, где отображается процесс удаления и перезаписи. Под спойлером "Подробнее" в том же диалоговом окне можно настроить дополнительные параметры (количество циклов перезаписи и т.п.). Удаленный таким образом файл/каталог восстановлению не подлежит. Но если Вы именно это искали - то, думаю, Вы это нашли.