Я использую
# rsync -aAXvn --delete --exclude={"/proc/*","/var/log/*","/dev/*","/sys/*","/mnt/*","/tmp/*","/run/*","/media/*"} --progress / /mnt/Backup/root
где /mnt/Backup/root - папка, в которую копируется содержание /
при первом запуске оцениваете "на глаз", всё ли идёт как надо, нет ли ошибок - здесь флаг n, эмуляция процесса, затем повторно запускаете без флага n - это будет "боевой" режим.
Подозреваю, что есть и другие решения, интересно тоже о них узнать.