PbI6A
1. Вы, в Линуксе, для просмотра всех Ваших файлов, используете только "легальные" кодеки?
2. Весь контент, который Вы смотрите " легальными" кодеками, снимали Вы сами, или поскачивали из тырнета?
Вообще то, в кодеках бабки просят (если просят) за кодирование. Декодирование же - бесплатно. Правда, всё это дело, использует виндовые библиотеки, но это другая история. Раз Windows уже стоит, то чего тут кривляться.
MPlayer и VLC есть и под винду, но поверьте, есть огромное количество очень хороших бесплатных плееров. LightAlloy, ZoomPlayer, GomPlayer, KMPlayer (не путать с линуксовым), тот же MediaPlayer, на худой конец. Всех не перечислишь. Из сборников кодеков, имхо, попробуйте ffdshow. Там куча настроек.