Это все размазываение контроля.
Тут он ведется в одном месте и его эффективность высока, а тут надо вручную следить за 2 обработчиками пакетов. Причем постоянно.
А часто-ли вы вообще заморачиваетесь местом на корне? Если это и происходит, то кончается чисткой /var, куда, по недосмотру, одна из прог понапихала лишнего.
ИМХО я лучше раз в год по aptitude полазаю и поудаляю лишнее, чем при каждой установке проги буду заморачиваться: "А есть-ли она у меня в блэк-листе? Или может ее оттуда удалить?"