Значит так:
1. Вводите
echo $HOME
Убеждаетесь сами, что находитесь не в своей домашней директории, а в /root. Потому вывод ls пустой, а файлы не удаляются.
2. Переходим в домашнюю папку:
cd /home ; ls
Видим, что команды cd и ls прекрасно работают, заодно запоминаем название домашнего каталога вашего пользователя.
3.
cd имя_каталога ; ls
Переходим в домашний каталог пользователя и получаем полный список файлов внутри.
4.
rm правильное_имя_файла
Приходим к выводу, что rm тоже работает

5.
aptitude install mc
Устанавливаем файловый менеджер Midnight Commander »
скрин«и впредь работаем в консоли с ним.