У меня на нетбуке :
/ 3.68 Gb
/boot 126 Mb
/home 8 Gb
Оперативки 1 Gb. SWAP не делал. Правда, при этом с помощью GIMP не удалось открыть одновременно 6 или 7 файлов jpeg размером ~2500 х 4000 точек. Система просто легла. При наличии SWAP, думаю, такого не случилось бы.
Поэтому, если у вас гиг оперативы, сделайте своп 1.5 .. 2 Гб.
Далее про корень:
Четырёх гигов однозначно мало. Если вы установите какие-нибудь дополнительные программы или придёт обновление на пару сотен мегабайт, может просто не хватить места, чтобы всё скачать с инета. Сделайте двух-трёхкратный запас и добавьте еще немного — получится 15 гигов. Если душит зелёная подруга, сделайте 10. Меньше — уже чувствуешь себя «неуютно», периодически возникает мысль о том,что надо бы почистить место.
В том, чтобы сделать отдельные разделы для /usr, /var или /var/log не вижу особого смысла. Это может потом, когда вы станете многоопытным продвинутым линуксоидом, вы решите, что стОит так сделать. Ну тогда и сделаете.
Про /boot — необязательно делать его отдельно. Просто у меня так сделано, ну и пусть.
Насколько я понимаю, в каталоге /boot/grub лежит файл grub.cfg. Не его ли имеют в виду, когда говорят про то что там «сохраняются настройки». Скорее всего, это так. И при переустановке системы всё равно он создается заново. Поэтому никаких таких настроек, которые надо сохранять, там нет. А, вот только если заставка при загрузке?
/home — сколько не жалко. В этом каталоге лежат:
«Личные» файлы всех пользователей.
Документы.
Музыка, фильмы, картинки.
А также кеш и закладки браузера.
Темы оформления, цвета, иконки.
Конфиги (настройки) программ, которыми вы пользовались.
Всякие почты.
На десктопе, конечно места побольше отведено: / — 12 Гб, SWAP — 2 Гб (оперативы 1.5 Гб), /home — много.
Теперь вопрос о том, где хранятся всякие программы и настройки.
(Весьма поверхностно, но с другой стороны чтобы просто пользоваться, знать это не очень-то и нужно.)
Самые ТруЪ проги, без которых Линукс — не Линукс, лежат в /bin и /sbin.
Остальные — в /usr/bin и /usr/sbin.
Игры лежат в /usr/games.
При переустановке системы, естественно, всё вышеуказанное устанавливается заново.
Если вы что-то доустановили, то после переустановки системы надо будет эти проги заново устанавливать. Аналогично с удалёнными программами.
В /etc лежат общесистемные настройки, типа часового пояса, списка пользователей, пароли, стартовые скрипты.
Обычно эти настройки в основном прописываются при установке системы. Беречь их в общем-то не имеет смысла.
Несколько особняком стоят программы, которые не входят в официальные репозитарии. Они могут лежать где угодно и либо сохраняться при переустановке системы (если они находятся в /home), либо не сохраняться (например, в usr/local/bin).
По поводу виндовых программ, запускаемых под wine, не подскажу — никогда не пользовался.