Для указанного случая это могло бы выглядеть так:
find DIR -name '*.EXT' -print0 | sort --version-sort -r | xargs -0 CMD -o OUTPUTFILE
Если нужно воткнуть строки c пробелами "внутрь" аргументов команды, то
args=""; cat SOMEFILE | while read line; do
args="$args '$line'"
done;
eval CMD "$args" SOME_OTHER_ARGS
Есть и другие возможности, но на самом деле лучше действительно сначала переименовать файлы, убрав пробелы, и тогда (и только тогда) можно было бы использовать ls со всей мощью ее бесконечного количества опций да и множество других команд, не боясь за разбивку аргументов на части по пробелам.