san-alex,
Когда все сделаешь, обязательно отпишись. Может быть полезно другим.
Да всё уже сделал, но особо полезного не напишу.

Из-за отсутствия опыта, как для такого рода дела, я не стал экспериментировать с жёстким диском... Он у меня новый, и особо нужной информацией ещё не забит. Просто, я загрузил Рунту-лайт с флешки, скинул закладки и всё такое на другую флешку, запустил Gparted, удалил таблицу разделов, создал новую и полностью переразметил весь диск, и всё стало нормально!

Я даже под Windows откопал специализированную тулзу и с помощью её ещё проверил:

Думаю, что моя проблема возникла из-за того, что после покупки винчестера, я его разметил из-под ХР при установке.
Ещё раз большое спасибо! Проблема действительно была серьёзная, даже суть не в быстродействии винчестера, которая снижается, а в сокращении срока работы устройства. Особенно это актуально для SSD-дисков, да и вообще всех новых винчестеров с секторами на 4 кб.