Сам демон fprobe ничего не делает "периодически" и ничего не считает, он тупо работает, постоянно сохраняя статистику по проходящим пакетам.
Модуль fprobe-ulog позволяет использовать iptables ULOG target чтобы слать в fprobe только нужные пакеты (например, пакеты с конкретного интерфейса). И опять же он ничего не считает.
Считать должен твой скрипт, по сохранённым пакетам.