Думаю, что не стоит из этой инструкции делать обобщающее правило.
Конечно не надо. Инструкции производителя вообще читать не надо. Производитель же он своего железа и его функционирования не знает, а знал бы, то сделал бы нажатие кнопки негарантийным случаем. Ведь диск-то может полететь! Да и кнопку выключения по недоразумению поставил. Ведь можно батарею извлекать.
Относительно мифической поломки железа думаю понятно.
Относительно вреда "файлам всей ОС". Что делает Windows, если было некорретное выключение? Предлагает загрузиться в безопасном режиме. Все.
Что делает
Ubuntu? Загружается нормально, как ни в чем ни бывало.
Какие файлы действительно могут быть повреждены? Только те, которые в момент выключения были открыты не только на чтение, но и на запись. И этого избежать легко, если все важные файлы открывать копии. Оригинал не трогать.
Как выключить
Ubuntu, если выскакивает предупреждение, что какой-то процесс не завершен? Система предлагает варианты: дождаться завершения процесса. Если это какой-то неубиваемый зомби, то можно до скончания века ждать. Или предлагает все-равно завершить работу. И, что интересно, ничего страшного при этом не происходит. Запускается потом без проблем.