Хорошо, если вы полагаете, что такого не может быть никогда, будем считать, что это моё личное мнение, которое неправильно. Однако мой опыт с ubuntu 12.04 (года два назад) таков: 1) Из-под ubuntu разместил несколько файлов на разделе ntfs, на рабочем столе оставил ярлыки от этих файлов. Проверил - работало.
2) Перезагрузился в windows и провёл "дефрагментацию". Ещё антивирусник запускал.
3) Перезагрузился в ubuntu и попробовал открыть файлы через ярлыки на рабочем столе. Система мне написала что-то типа "ошибочная ссылка" (точную формулировку за давностью не помню). Мой вывод: место на диске между разными системами надо разграничивать строго. Возможно я неправ, не настаиваю.