Субтитры можно и не внедрять в файл. Если файл с субтитрами имеет то же имя,
что и видеофайл, плейер должен его сам подключить при просмотре,
хотя не у всех плейеров это получается. В любом случае потоки для выходного
файла выбираются помощью "-map", посмотрите в "man ffmpeg" формат этой опции.