Удаление - удаляет только программу, полное удаление - программу и конфиги. Я удалял полностью.
В синаптике есть такая функция. После выделения пакетов для удаления или установки в меню файл выбери "Save Markings". Все выдениния сохранятся в файл. В следующий раз, например при переустановке системы, выбираещь этот файл и получаешь все выделения. Не надо вспоминать и тыкать по одному.