Да и я не спорю. Есть проги, изначально собранные под gtk3, например. Так nautilus к примеру ни разу я не видел НИГДЕ под gtk2.
И еще имеются темы gtk2/gtk3/qt совместимые.
Adwaita, к примеру.
Есть даже приложения, которые люди собирают, под другой toolkit, к примеру, в Арчлинукс в АУР есть pcmanfm-qt.
Т.е. да, можно проделать сей финт- но это ОООЧень муторно и у меня, к примеру, мозгов не хватит.
+ декораторы окон используются разные- gtk3/gnome-shell- mutter.
Короче, хочешь нормального внешнего вида, лучше всего подбирать приложения на одном toolkit, т.е. в твоем случае gtk2 или использовать совместимые темы.
Иначе возможны даже артефакты, например наложения теней твоего композитного менеджера и декораций окна gtk3 приложения, уродский внешний вид и т.д.
А некоторые приложения, особенно проприетарные, имеют вообще ненастраиваемый внешний вид- telegram к примеру- там все прибито гвоздями