Это не потому ли что от вайна фтп работает от имени юзера, а порты до 1024 привелигированные. тоесть от рута под вайном может заработает? Хотя при чем тут 9000 тогда цифра? Есть еще proftpd он полегче в настройках, но vsftpd круче, хотя если цели не очень серьезные, то можно с профтпд начать.
ПС насчет сливания винтов в 1 папку как я только не парился, так ничего и не придумал здравого. Тут новая ФС вышла, не помню как называется, но там можно несколько девайсов в одну точку монтировать. Но что то в ядре пока не видел, хотя вроде включили уже в ядро.